Badan Pengurus Harian adalah Badan inti organisasi yang bertugas untuk menjalankan dan mengawasi laju aktivitas internal organisasi HMJ Akuntansi Syariah IAIN Pekalongan.
- Ketua : Wahyu Setio Gumelar
- Wakil Ketua : Muzayyinatul Nur Aliyah
- Sekretaris I : Rafita Vani eka Suci
- Sekretaris II : Dwi Tia Ningrum
- Bendahara I : Ningrum Safitri
- Bendahara II : Siti Zulfa